皮膚に常在しているマラセチアというカビ(真菌)の一種が関わっていると考えられています。
マラセチアは皮脂を栄養源としています。そして、皮脂に含まれる成分トリグリセリドを遊離脂肪酸へと分解します。この遊離脂肪酸が皮膚に与える刺激が脂漏性皮膚炎を発症する原因の1つと考えられています。また、この増殖したマラセチア自体も皮膚に炎症を起こすと考えられています。
マラセチアは皮脂量が多くなると増殖しますが、その異常な増殖の根本的な原因は未だわかっていません。可能性として、環境による皮脂成分・分泌量の変化やビタミンB2・B6などの代謝異常、不十分な入浴・洗顔、ストレス、寝不足、ホルモンの乱れなどが挙げられています。
成人型の脂漏性皮膚炎は、皮脂の分泌を促進するアンドロゲンという男性ホルモンの影響が関係していると考えられています。